"Holy Wars...The Punishment Due" es la canción de apertura del album Rust In Peace de Megadeth (1990).
La canción tiene una estructura inusual, desplazando a las 2:26 después de un puente acústico por Marty Friedman a una sección diferente, más lenta y más pesada llamada "The Punishment Due", antes de acelerar de nuevo. Toda la canción es comúnmente denominada como "Holy Wars".
El tema lírico de "Holy Wars" se refiere a la el conflicto de Irlanda del Norte, en la que los Catolicos estaban en contra de los protestantes, y los sentimientos de Mustaine sobre la religión. En una entrevista con la revista británica Guitarist, Mustaine dice que se inspiró para escribir la canción en Irlanda del Norte, cuando descubrió que habia contrabando de remeras *T-SHIRT* y estaban a la venta, fue disuadido de tomar medidas para que éstos se eliminen de la base de que que formaban parte de las actividades de recaudación de fondos para "La Causa" (es decir, el Ejército Republicano Irlandés Provisional). Dave también declaró en un concierto en el Rock City (Nottingham, Reino Unido 18 de febrero 2008) que fue en este lugar que él escribió Holy Wars, después de que viajó allí desde Irlanda en un autobús a prueba de balas. "The Punishment Due" se basa en el popular personaje de Marvel "The Punisher"(El Castigador).
El vídeo se hizo en agosto de 1990 (alrededor de la hora del comienzo de la Guerra del Golfo en 1990) y que contenía material de archivo de noticias de diversos conflictos en todo el mundo durante los años 1980 y década de 1990, la mayoría de los cuales fueron de los conflictos en el Oriente Medio.
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