Las teorías de la conspiración alienígena inspiraron a Dave Mustaine a escribir la canción. El Hangar 18 está situado en Wright-Patterson AFB en Ohio. Se especula que naves extraterrestres fueron llevadas al Hangar 18 desde Roswell en 1947. Se supone que los artefactos fueron llevados allí a bordo de aviones B-29 y guardados en el Hangar 18. Es menos conocida que el Área 51 y muchas personas creen que esta es la verdadera base de investigaciones de OVNIs y que el Área 51 es solo una base para distraer a las personas de la verdad.
La estructura de la canción está en Re menor, estructura usada también por Metallica en su canción "The Call of Ktulu" del álbum Ride the Lightning, sacado del demo When Hell Freezes Over, en la que Mustaine colaboró. Después del verso/coro viene una parte completamente instrumental. El guitarrista de Megadeth, Marty Friedman, asegura que la versión original de Hangar 18 era mucho más larga que la que sale en Rust in Peace. Es destacable que esta canción tiene nada menos que 12 solos ejecutados por Friedman y Mustaine.
"Holy Wars...The Punishment Due" es la canción de apertura del album Rust In Peace de Megadeth (1990).
La canción tiene una estructura inusual, desplazando a las 2:26 después de un puente acústico por Marty Friedman a una sección diferente, más lenta y más pesada llamada "The Punishment Due", antes de acelerar de nuevo. Toda la canción es comúnmente denominada como "Holy Wars".
El tema lírico de "Holy Wars" se refiere a la el conflicto de Irlanda del Norte, en la que los Catolicos estaban en contra de los protestantes, y los sentimientos de Mustaine sobre la religión. En una entrevista con la revista británica Guitarist, Mustaine dice que se inspiró para escribir la canción en Irlanda del Norte, cuando descubrió que habia contrabando de remeras *T-SHIRT* y estaban a la venta, fue disuadido de tomar medidas para que éstos se eliminen de la base de que que formaban parte de las actividades de recaudación de fondos para "La Causa" (es decir, el Ejército Republicano Irlandés Provisional). Dave también declaró en un concierto en el Rock City (Nottingham, Reino Unido 18 de febrero 2008) que fue en este lugar que él escribió Holy Wars, después de que viajó allí desde Irlanda en un autobús a prueba de balas. "The Punishment Due" se basa en el popular personaje de Marvel "The Punisher"(El Castigador).
El vídeo se hizo en agosto de 1990 (alrededor de la hora del comienzo de la Guerra del Golfo en 1990) y que contenía material de archivo de noticias de diversos conflictos en todo el mundo durante los años 1980 y década de 1990, la mayoría de los cuales fueron de los conflictos en el Oriente Medio.
Otro cover de Megadeth, esta vez de la banda punk inglesa: "Sex Pistols". Esta versión apareció en el álbum: "So Far, So Good... So What?". El videoclip trata de dibujos animados con figuras políticas. Steve Jones toca la guitarra solista en la versión.
"Public Enemy No. 1", el single del último álbum de 2011 de la banda titulado "TH1RT3EN", ha sido nominado para un Grammy en la categoría de Mejor Interpretación de Hard Rock/Metal de la 54ª entrega anual de Premios Grammy".
"Megadeth competira junto con Dream Theater, Foo Fighters, Mastodon y Sum 41. Esta es la décima nominación al Grammy de Megadeth."
"Los premios se transmitirán el Domingo 12 de febrero 2012"